داستان از این قرار است که پنگوئن ها الکس، مارتی، مل من و گلوریا را در آفریقا می گذارند و خود به دنبال خوش گذرانی می روند. در این بین الکس و دیگر دوستانش به دنبال پنگوئن ها می روند و تحت تعقیب یک مامور کنترل حیوانات فرانسوی قرار می گیرند و وقتی که در حین فرار از اویند، به یک سیرک بر می خوردند که مجبور می شوند به دورغ و برای فرار از مامور به آنها بگویید که اهل سیرکند تا آنها را به داخل راه دهند و…